Perang saudara terus berlanjut di Afghanistan setelah Soviet mundur dari Afghanistan. Kesatuan Soviet meninggalkan Afghanistan di musim dingin dengan kepanikan di antara orang-orang di Kabul. Mujahidin Afghanistan dengan sikap tenang menyerang kota-kota provinsi dan bahkan Kabul jika perlu.

Rezim Najibullah, meski gagal memperoleh bantuan, wilayah, atau pengakuan internasional, tetap berkuasa hingga tahun 1992. Kabul telah mencapai gencatan senjata yang membuka kelemahan Mujahidin, politik dan tentera. Setelah hampir 3 tahun, Pemerintah Najibullah sukses mempertahankan dirinya dari serangan Mujahidin; puak dalam pemerintahan telah mengembangkan koneksi dengan musuhnya. Menurut wartawan Rusia Andrey Karaulov[29], alasan utama kenapa Najibullah kehilangan kekuasaan adalah penolakan Rusia untuk menjual produk minyak kepada Afghanistan kerana alasan politik. (Pemerintah Rusia yang baru tidak membantu komunis) dan berhasil menggerakan blokade.

Pengkhianatan Jeneral Abdul Rashid Dostam dan milisi Uzbek pada Mac 1992, dengan serius merusak kontrol Najibullah terhadap negara tersebut. Pada bulan April, Kabul pada akhirnya jatuh ke tangan Mujahidin kerana puak di dalam pemerintahan akhirnya berpisahan.

Najibullah kehilangan kontrol internal dengan segera dia mengumumkan kemauannya, pada tanggal 18 Mac, untuk berhenti agar membuat jalan untuk pemerintahan yang netral untuk sementara. Ironisnya, sampai mengacaukan oleh peninggalan pemimpin seniornya, pasukan Afghanistan telah mencapai level tertinggi prestasinya yang tidak pernah dicapai saat diarahkan oleh pengawasan Soviet.

Selama mundurnya pasukan Soviet dari Afghanistan, tempat penambangan gas alam Afghanistan disumbat untuk menghindari sabotase. Restorasi produksi gas telah terhambat oleh percekcokan internal dan kekacauan hubungan perdagangan tradisional.